Os peixes na natureza passam muito do seu tempo à procura de comida (e também evitando ser comidos), porém dentro do aquário é mais fácil conseguir o alimento e, além do mais, não é interessante que sobre comida já que ela apodrece e diminui a qualidade da água. É muito importante que conheças os hábitos alimentares dos teus peixes para estar escolher a comida mais adequada. Nesse sentido existem diferenças entre os peixes herbívoros, os carnívoros e os onívoros.
Os peixes herbívoros têm intestinos mais cumpridos, porque é mais difícil digerir o alimento de origem vegetal e extrair todos os nutrientes. Eles ficam quase o dia todo a passear entre as algas e comer constantemente. Os peixes herbívoros mais conhecidos são os Tang, peixe-cirurgião, a família Blennidae, os Siganus, peixes anjo do mar. Alguns deles comem também algo de proteína animal. Esses peixes deveriam ter comida à sua disposição permanentemente; as algas que naturalmente crescem no aquário podem ser uma boa fonte de alimentação, dependendo da espécie, porém, normalmente, não há quantidade suficiente e deve-se suplementar com alimento para peixes herbívoros. Existem várias marcas muito boas que funcionam como comida base, mas sempre se recomenda adicionar também alimentos frescos apropriados para garantir que os peixes obtenham todos os nutrientes que precisam. Recorde que uma oferta de alimentos variada dá um espectro mais completo de nutrientes básicos e favorece o bem estar dos animais. O ideal é dar uma dieta base uma ou duas vezes ao dia em pequenas quantidades (apenas a quantidade que os peixes comam em 2 minutos) e adicionar alimentos frescos duas ou três vezes por semana. Certifica-te de escolher o alimento mais apropriado para o tipo de peixe que tens e observa quais são os que mais preferem, assim evitarás problemas de saúde e mortalidade nos peixes.
Os peixes carnívoros, por outro lado, têm intestinos curtos, pois resulta mais fácil extrair as proteínas dos tecidos de origem animal. Alguns exemplos de peixes carnívoros são os serranidos, grammatidos, perciformes, gobios, etc. Para conseguir que todas as espécies se alimentem bem é recomendado dar pouca quantidade, uma vez por dia. Eles provavelmente não consumam o alimento de uma vez, mas que comam vorazmente por uns minutos quando o precisarem. Deves ter muito cuidado ao escolher peixes exclusivamente carnívoros e predadores, pois podem comer-se outras espécies do aquário.
É muito importante que escolhas espécies compatíveis para o teu aquário, assim poderás alimentar a todas corretamente. Se eres novato, recomendam-se peixes onívoros, pois é mais fácil garantir uma boa alimentação para eles. Além do mais a fonte de alimentos de origem animal pode ser de dejetos orgânicos, crustáceos e invertebrados, além de não serem predadores que coloquem em perigo outros peixes. Nessa categoria encontramos o peixe palhaço, alguns gobios, salmonete, cavalos-marinhos e peixes das famílias Blennidae, Pseudochromidae, etc.
Algumas vezes os peixes precisam de um período de adaptação no aquário para começar a comer bem. É muito importante que quando compras um peixe novo procures muito bem o que está a comer na loja e de que maneira o alimentam, dessa forma farás mais fácil a sua adaptação a seu novo habitat.